A l'origine, le pont avait été jeté sur les eaux du Buthier, mais durant le Moyen Age, probablement à la suite d'un événement alluvial, le torrent se creusa un nouveau lit plus à l'ouest - l'actuel - tandis que le plus ancien se réduisit à un petit canal qui, avec le temps, s'assécha entièrement. Le pont, partiellement enseveli sous une couche de détritus, a fini par être progressivement enterré. Pour franchir le nouveau bras du Buthier et rétablir la liaison avec la ville il a été nécessaire de construire un nouveau pont, cette fois en bois, pont nommé de l'Arc.
Les documents anciens font une distinction entre le pons lapideus Bauthegii (nommé aussi dans la charte des Franchises de 1191) et le pons Arcus qui est mentionné pour la première fois en 1193. Le pont en bois fut brûlé par les Français en 1691, reconstruit en pierre en 1772 et en 1862, et finalement élargi en 1960. La mise au jour complète et l'aménagement du pont romain remonte par contre aux années 50 du siècle dernier.