In origine il ponte era stato gettato sulle acque del Buthier, ma durante il medioevo, probabilmente a seguito di un evento alluvionale, il torrente si aprì un nuovo alveo più ad ovest - quello attuale - mentre quello più antico si ridusse ad un piccolo canale che col tempo si prosciugò del tutto. Il ponte, parzialmente sepolto da uno strato di detriti, finì per essere progressivamente interrato. Per superare il nuovo braccio del Buthier e ristabilire il collegamento con la città fu necessario costruire un nuovo ponte, questa volta in legno, chiamato ponte dell'Arco.
I documenti antichi distinguono tra il pons lapideus Bauthegii (nominato anche nella carta delle Franchigie del 1191) e il pons Arcus che è menzionato per la prima volta nel 1193. Il ponte in legno fu bruciato dai francesi nel 1691, ricostruito in pietra nel 1772 e nel 1862, e infine allargato nel 1960. La completa messa in luce e sistemazione del ponte romano, invece, risale agli anni '50 del secolo scorso.