Nella conca del Gran San Bernardo, detta anche "Plan de Jupiter", dove pare attestata la pratica di un antico culto tributato al dio delle vette, alla fine dell’Ottocento furono messe in luce diverse strutture romane. Questi edifici, dei quali peraltro rimane solo una debole traccia, sono impostati sulla roccia e circondano una "rupe sacra" dove sono state rinvenute numerose monete, presumibilmente degli ex-voto. Si tratta di due mansiones (punto di sosta e di ricovero per i viaggiatori che percorrevano questo ramo della Via delle Gallie) e di un piccolo tempio. Le mansiones, costituite da un cortile centrale attorno al quale si disponevano dei locali stretti e lunghi, sopravvivono solo a livello delle fondazioni, mentre del tempio, di tipo romano gallico con cella e pronao antistante, resta solo l’impronta scavata nella roccia. Nei pressi di questo monumento furono rinvenute parecchie tavolette votive in bronzo, lasciate per ringraziare Giove Pennino del viaggio fortunato e per chiedere un ritorno sicuro.
Per tutto il Medioevo il valico rimase un passaggio fondamentale che vide il transito dei pellegrini diretti a Roma lungo la Via Francigena. Verso la metà dell’XI secolo Bernardo di Mentone, arcidiacono della cattedrale di Aosta, fondò un ospizio (oggi in territorio svizzero) per dare rifugio ai viaggiatori che transitavano per il passo.
All’interno dell'Ospizio del Gran San Bernardo, modificato e ingrandito attraverso i secoli, è stato allestito un museo che conserva molti dei materiali archeologici rinvenuti al colle.